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경제

미래차·바이오·SMR도 세액공제 넣어야…한경협, 51개 과제 국회 제출

이경호 기자

기사입력 : 2026-09-10 14:32

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[더파워 이경호 기자] 정부가 내년 신설을 추진하는 국내생산세액공제 대상을 반도체·이차전지 등에 한정하지 말고 미래차와 바이오, 소형모듈원자로(SMR)까지 넓혀야 한다는 경제계 의견이 나왔다.

국내에서 생산한 제품이라면 내수뿐 아니라 수출 물량에도 세액공제를 적용하고, 초기 적자로 공제 혜택을 쓰기 어려운 기업에는 미사용액을 환급하는 제도를 도입해야 한다는 주장도 함께 제기됐다.

한국경제인협회는 정부의 ‘2026년 세제개편안’에 대한 개선·보완 의견을 담은 의견서를 최근 국회에 제출했다고 10일 밝혔다. 국내 주요 기업의 의견을 수렴해 10개 법령별 총 51개 과제를 담았다.

/한국경제인협회이미지 확대보기
/한국경제인협회


핵심은 2027년 신설 예정인 국내생산세액공제의 적용 범위 확대다. 정부는 녹색 전환과 경제안보 차원에서 태양광·풍력·이차전지·반도체·핵심소재·AI 로봇부품 등 6개 분야를 지원 대상으로 제시했다.

한경협은 이에 더해 미래형자동차와 바이오의약품·백신, SMR 등도 포함해야 한다고 건의했다. 로봇 완제품과 액화수소, 지속가능항공유(SAF) 등도 지원 대상 검토가 필요하다고 주장했다.

공제 대상 물량도 넓혀야 한다고 봤다. 정부안은 국내에서 생산한 제품 가운데 국내 판매 물량만 세액공제하고 수출 물량은 제외하는 구조다.

한경협은 미국의 첨단제조생산세액공제와 일본의 전략분야 국내생산촉진세제처럼 판매 지역과 관계없이 지원해야 국내 생산 유인이 커질 수 있다고 주장했다. 국내 판매분만 지원할 경우 혜택이 내수시장에 집중돼 통상 문제 가능성도 있다고 지적했다.

세액공제를 실제 활용하기 어려운 기업을 위한 환급제 도입도 요구했다. 대규모 초기 투자가 필요한 산업은 사업 초기에 적자를 내거나 이익이 적어 납부할 법인세 자체가 부족할 수 있기 때문이다.

한경협은 납부 세액보다 공제액이 클 경우 남은 공제액을 현금으로 돌려주는 방식의 환급제를 도입해야 한다고 제안했다. 투자에 대한 통합투자세액공제와 생산에 대한 국내생산세액공제도 목적이 다른 만큼 동시에 적용할 수 있도록 해야 한다고 덧붙였다.

청년고용과 관련해서는 대기업을 통합고용세액공제 대상에서 제외하려는 방안을 재검토해야 한다고 주장했다.

한경협에 따르면 올해 7월 기준 15~29세 청년 취업자는 전년 동월 대비 45개월 연속 감소했고, 청년 고용률도 27개월 연속 하락했다. 이런 상황에서 대기업의 고용 세제 인센티브까지 없앨 경우 양질의 일자리 확대에 부정적인 영향을 줄 수 있다는 논리다.

현행 제도에서도 대기업은 청년과 장애인, 60세 이상 근로자 등을 추가 고용한 경우에만 혜택을 받을 수 있다. 지난해 세법 개정으로 10명을 초과해 늘어난 고용 인원에 대해서만 공제를 받을 수 있도록 요건도 강화됐다.

지역 투자 세제 혜택도 더 높여야 한다고 건의했다. 정부는 지역에 따라 R&D와 투자, 국내생산세액공제율에 1.0~1.5의 지방우대계수를 적용할 계획이다.

한경협은 산업위기지역의 R&D·통합투자세액공제와 인구감소지역·인구감소관심지역의 국내생산세액공제에는 최고 수준인 1.5의 우대계수를 적용해야 한다고 주장했다.

산업기술 연구개발용 수입품에 적용하는 관세 80% 감면 제도도 유지해달라고 요청했다. 정부 개편안에는 해당 제도 폐지가 담겼지만 미래차와 자율주행 등 첨단산업은 양산 전 성능평가와 품질검증을 위해 해외 시제품과 연구개발용 부품을 사용하는 경우가 많다는 이유에서다.

한경협은 현행 80% 감면을 유지하거나 폐지가 불가피하다면 감면율을 50% 수준으로 조정하는 방안을 제시했다.

세액공제를 쓸 수 있는 기간도 현행 10년보다 늘려야 한다고 봤다. 반도체와 바이오처럼 대규모 선행 투자 후 수익이 발생하기까지 시간이 오래 걸리는 산업은 초기 적자가 지속되면 세액공제를 10년 안에 모두 활용하기 어렵다는 것이다.

이에 미국과 캐나다가 R&D 세액공제 미사용액을 20년간 이월할 수 있도록 한 사례를 들어 국내 세액공제 이월기간도 최소 15년 이상으로 연장해야 한다고 제안했다.

이상호 한경협 경제본부장은 "국내생산세액공제 신설과 지방 투자 세제지원 우대 확대 등 국내 생산과 투자를 뒷받침하는 방안이 정부 세제개편안에 담긴 것은 기업 경쟁력 제고에 도움이 될 것"이라며 "기업들이 세제혜택을 실제 활용해 생산·투자·고용을 늘릴 수 있도록 정기국회 논의 과정에서 지원 대상과 요건을 합리적으로 개선·보완할 필요가 있다"고 말했다.

이경호 더파워 기자 lkh@thepowernews.co.kr
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